特定外来生物であるフイリマングースが平成21年に喜入地区で確認され、本土で初めて発見・捕獲されました。生態系への被害を防ぐために駆除が行われて、100 匹以上を捕まえました。
　このほか、世界中にいる外来種であるクマネズミ、ドブネズミが広く市街地にすみついていると推測されます。

　ドバトは、ヨーロッパをはじめとするユーラシアに生息するカワラバトが、伝書鳩やレース用として日本に持ち込まれたもので、飼育していたものが逃げ出して野生化した「カゴ抜け」とよばれる外来種です。
　市街地に広くすんでおり、公園などでは、人のエサやりで定着し、フンの問題もあります。

　特定外来生物であるウシガエルが永田川で確認されています。
　は虫類では、外来種リストにのっている種として、お祭りなどの夜店やペットショップでミドリガメとして販売されているミシシッピアカミミガメが甲突川で確認されています。

特定外来生物であるクモ類のセアカゴケグモとハイイロゴケグモが確認されています。外来種リストにのっている種として、昆虫類のオオヒラタクワガタ、キバナガノコギリクワガタが確認されています。
　このほか、沖縄や奄美から分布を広げている、ヤンバルトサカヤスデが鹿児島市内でも発生しており、害虫問題を引き起こしています。

　特定外来生物であるオオクチバス（ブラックバス）、カダヤシとブルーギルが確認されています。オオクチバスは松元ダムで、カダヤシは甲突川、永田川などで、ブルーギルは永田川と松元ダムで確認されています。
　その他、グッピー、ニジマスなど多くの外来種が甲突川や永田川で確認されています。

　特定外来生物は確認されていません。外来種リストにのっている種として、ジャンボタニシとも呼ばれるスクミリンゴガイが吉野地区（本名川など）の川や、市内各地の田んぼなどで確認されています。この貝は、田んぼに植えられた若いイネを食べてしまうため問題になっています。

　外来種リストにのっている種として、アメリカザリガニが甲突川や谷山地区で、タテジマフジツボが磯海岸付近や桜島で確認されています。

　特定外来生物として、水草のオオフサモ、浮草のボタンウキクサ、陸上に育つオオキンケイギク、ナルトサワギク、アレチウリの合計5種が確認されています。
　これらのほか、外来種リストにのっている種としてアメリカセンダングサ、オオカナダモなど59種が確認されています。